L’Ordine Teutonico, comunità religiosa che si proponeva di difendere la fede con le armi, si componeva di quattro categorie di membri: i Cavalieri, i preti, i serventi e i confratelli (terziari). I Cavalieri, veri padroni dell'Ordine, erano esentati da obblighi religiosi (bastava loro recitare un Padre Nostro) e si occupavano a tempo pieno della guerra e dell'amministrazione. Secondo la tradizione, l'Ordine era stato fondato ad Acri in Palestina dopo le sconfitte del 1187 e la conquista di Gerusalemme da parte del Saladino, sulla necessità di accogliere i partecipanti alla terza crociata, fatta in massima parte con truppe tedesche; ma l'origine dell'Ordine sembra più antica, come si evince da un documento papale datato 1143.
In quel periodo, come era stato in precedenza, Messina era luogo di concentramento e di passaggio per le galee dei crociati che andavano in Terrasanta; Filippo Augusto e Riccardo Cuor di Leone svernarono a Messina nel 1190 con i loro crociati francesi e inglesi. Sette anni dopo Enrico VI Hohenstaufen, primo re svevo di Sicilia, sempre a Messina radunò le navi tedesche per una crociata che mai partì a causa della sua morte. Enrico VI diede a generali tedeschi feudi siciliani e ai cavalieri dell'Ordine Teutonico terre confiscate ai cistercensi e l'Abbazia della SS. Trinità di Palermo detta La Magione, per punirli dell'appoggio fornito al partito di Tancredi.
Anche Federico II, suo figlio, organizzò da Messina la sua crociata, dei 1216-29. Ed allo stesso Federico Il è unanimemente attribuita dagli autori messinesi la fondazione a Messina del Priorato e della Chiesa degli Alemanni intorno al 1220. Solo Caio Domenico Gallo avanza l'ipotesi che da un "rescritto" di Federico si possa dedurre che già ai tempi di Enrico VI esistesse a Messina un ospedale dei Teutonici intorno al 1197. La chiesa appartenne ai teutonici fino al 1485, e fu data in amministrazione alla Magione di Palermo fino al 1605.
Ma già agli inizi del Seicento la struttura sembra essere seriamente compromessa se il Buonfiglio e Costanzo in "Messina Città Nobilissima" così ci dice: "...in luogo di poco passaggio si vede la hoggi mezo rouinata Chiesa di Santa Maria dell'Alemanna Priorato dei Cavalieri Teutonici..." E aggiunge: "Questo Priorato possiede hoggi pochissime entrate, consistendo però tutta la sua vera ricchezza nel suo membro in Palermo detto la Commenda della magione di Santa Maria Alemanna dei Priorato di Messina".
Dal 1605 il Regio Visitatore mons. Giordì l'affidò ai Rettori dell'Ospedale di Sant'Angelo dei Rossi di Messina con l'obbligo di tenerla aperta e provvedere alla manutenzione. Il Samperi riferisce che nel 1612 la chiesa, in stato di abbandono, fu colpita da un fulmine durante un temporale e danneggiata. E così continua: "Vedesi ancora pendere, con catene di ferro da un pilastro dell'Alemanna una tavola nuda, la quale è sola rimasta dalle antiche ruine, ove stavano in pergameno affissi li Privilegi, e favori conceduti da' Sommi Pontefici, e dalle Corone largamente à questo sacro Ordine, di cui parimenti si veggono l'armi in uno scudo diviso in quattro parti, nella prima vi è una croce nera in campo bianco, e nell'alare due bastoni gigliati in cima di color rosso, in campo similmente bianco, con queste parole sopra lo scudo: Charitas". Il Samperi riporta una incisione approssimativa del portale principale dell'Alemanna, già allora con i segni e il degrado del tempo, che incornicia fantasiosamente una immagine di Madonna con Bambino. Un prezioso atto notarile del 1758, cioè nell'ultimo periodo di culto della chiesa, redatto dal notaio De Silvestro su incarico dei Rettori dell'Ospedale di Sant'Angelo, contiene una relazione di don Antonio Brancato con informazioni uniche sullo stato dei documento: veniamo così a conoscenza di edifici annessi alla chiesa assieme ad un giardino, di un campanile a fianco della chiesa e di una sorta di portichetto davanti ad essa. Sono altresì descritte le porte principale e laterale, già prive allora delle colonnine che reggevano gli archivolti. Il culto fu sospeso nel 1808, quando cadde in rovina anche per i danni subiti nel terremoto dei 1783.
Da allora fu data in affitto ed adibita a magazzino "pieno da cima a fondo di botti nuove" e annerita sin dal tempo in cui gli inglesi ne avevano fatto una fabbrica di palle di cannone, come ci informa una relazione del 1829. II pavimento a mosaico della chiesa pare sia stato distrutto dai messinesi alla ricerca di un tesoro sepolto (la Trovatura), che naturalmente non fu mai trovata. Solo nel 1874, dopo ripetuti allarmi della Commissione delle Belle Arti, fu acquistata dal Comune di Messina e sottoposta nel 1887 al primo di una lunga serie di restauri che si sono alternati ai danni del terremoto del 1908 e a quelli più gravi provocati dall'ottusità del successivo piano regolatore che la mutilò nella parte frontale, cancellò in tutti i sensi le sue adiacenzé, compreso l'Ospizio, incastrandolo fra strade e edifici recenti. Un articolo di qualche anno fa ne ricostruisce il calvario post-terremoto. Inizialmente soccorsa a cura e a spese della Soprintendenza di Catania, fu adibita a deposito delle opere d'arte recuperate dalle macerie. Ma nel novembre 1930 crolla "una intera campata del coperto rustico della navata centrale"; segue a distanza di quattro anni il crollo del tetto. II Consiglio superiore per le antichità e le belle arti nel 1935 boccia una proposta della Soprintendenza che voleva smontare la Chiesa dell'Alemanna per poi ricostruirla con diverso orientamento, e raccomanda "che il monumento sia lasciato com'è e dov'è, considerandolo come rudere e solo ricoprendolo da semplice tetto per evitarne il deperimento".
Una relazione dell'ingegnere capo del Comune di Messina del 1937 informa che il rudere è gravemente minacciato da crepe e lesioni negli archi e nei muri in special modo nella parte absidale; ma non avendo le casse comunali denaro sufficiente per opere di consolidamento e restauro si stanziavano £ 6.500 per opere di puntellamento e rafforzamento. Nove anni dopo la fine della il guerra mondiale viene stanziato un milione e mezzo per il restauro. Nel 1955 sul Giornale di Sicilia si legge: "Dura da 50 anni la ricostruzione di un antico tempio".
Nel 1959 il manufatto torna all'attenzione della stampa in seguito ad un violento incendio. Sempre negli anni '50 furono effettuati dei restauri, durante i quali furono rinvenuti dei frammenti di un mosaico ora conservati al Museo di Messina. Gli ultimi tre lotti di restauro sono stati eseguiti negli anni `80 ed ultimati nei 1989. Un nuovo progetto di cinquecento milioni finanziato dalla Regione nel 1991 non è ancora operativo e dovrebbe essere destinato alla copertura dei manufatto.
Pippo Martino